净化系统是建立整个洁净手术部洁净、无菌环境的重要保障，净化系统主要是采用现代空气洁净技术，组织科学的气流形式，对室内的空气进行循环过滤，除去空气中的尘埃和微生物，并按手术要求控制室内温度、湿度和压力等相关参数。由于对空气悬浮污染物的有效控制，能够有效减少室内空气的悬浮细菌量，有效降低了因空气途径而导致的院内感染，可以完成诸如手术、治疗和恢复等易感染的医疗活动。目前，净化系统是现代化医院中为有效的控制手术过程感染的措施。 净化空调系统主要由新风预处理机组、 循环空气处理机组、 净化风管及附件、末端送回风装置等部分组成，并利用气流组织CFD模拟辅助设计指导系统设计 
新风机组和循环机组是净化系统的重要设备， 空气的净化和热湿处理均在该设备内进行。区别于普通的空调机组，净化空调机组在结构设计、材料选用、功能段配置上均须符合“卫生型空气处理机组”的要求。新风机组可以对室外空气进行充分预处理，在夏季对空气进行三级过滤，降温除湿，获取干燥、洁净的空气；在冬季则对空气进行过滤和预热处理。循环机组可以对混合后的空气进行进一步的过滤， 并对空气的温湿度进行微调， 满足手术室对洁净度和温湿度的要求。